Gleichzeitig bestätigte er den Bürgern ihre alten Privilegien, die ihren Ausdruck im ursprünglichen Stadtwappen fanden. Es zeigte einen Eichenbaum auf grünem Rasen, rechts davon (heraldisch bzw. wappenkundlich gesehen) einen Fisch, links sieben Rohrkolben.

Dieses Wappen verkörperte die Rechte der Bötzower Bürgerschaft: freies Holz zum Bauen und Brennen sowie freie Mast und Weide der Haustiere in der kurfürstlichen Heide, freie Fischerei auf der Havel und freie Rohrnutzung für das Decken der Dächer. Im Laufe der Zeit wurde das Wappen mehrfach verändert und erhielt schließlich sein heutiges Aussehen im 20. Jahrhundert.

Während des Dreißigjährigen Krieges plünderten Kriegshorden die Stadt. Brände vernichteten Häuser und Scheunen. Von dem Wüten einer verheerenden Pest wird berichtet.