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Die Geschichte Sachsenhausens geht bis ins 14. Jahrhundert zurück. Bereits im Landbuch Kaiser Karl IV. ist 1375 eine Wassermühle aufgeführt, die spätere Anlage „Neumühl". Der Betrieb dieser Anlage, bestehend aus Mahlmühlen, Schneidemühle und Lohmühle, wird durch seinen Standort direkt am Wasser so bedeutend, dass aus umliegenden Orten die Bäcker ihr Getreide hier mahlen lassen. Durch Krieg, Brand und Pest wird 1402 alles verwüstet. Der Betrieb von Wassermühlen war aber so lohnend, dass sie immer wieder aufgebaut wurden, bis 1874, mit Ausnahme der Bauernmühle - der gesamte Komplex durch Brandstiftung vernichtet wurde.

Am 29.05.1753 verfügte König Friedrich der II. von Preußen die Gründung Sachsenhausens und unterzeichnet die Gründungsurkunde des „Straßendorfes" Sachsenhausen. Zu dieser Zeit zählt das Dorf 220 Einwohner.

1752/53 entstehen unter Aufsicht des Kriegsrates Pfeifer 25 Doppelhäuser, in denen die ersten 20 Spinnerfamlien angesiedelt werden. Diese Familien wurden durch königliche Kabinett-Verordnung verpflichtet, jährlich ein festgelegtes Pensum Wolle zu verspinnen.

Bereits 1448 wurde mit dem Bau der ersten Schleuse begonnen, was für die spätere Entwicklung des Ortes eine entscheidende Bedeutung hatte.

Ein neuer Wirtschaftszweig entwickelt sich durch den Bau des Ruppiner Kanals - die Binnenschifffahrt verändert die Region.

Ab 1800 lässt die günstige Lage der Gemeinde an der Havel das Spinnerdorf zum Schifferdorf werden. Viele Einwohner verdienen ihren Lebensunterhalt auf Lastkähnen. Es entstehen mehrere Bootswerften und 1842 haben 28 Lastkähne und 11 Zillen in Sachsenhausen ihren Heimathafen. Zu dieser Zeit hat Sachsenhausen 316 Einwohner.

Sachsenhausen schließt sich am 01. Juli 1900 mit der Schwestergemeinde Berg zusammen. Als verbindendes Zeichen wurde damals der Bauplatz für eine Dorfkirche direkt zwischen den beiden Gemeinden gewählt. 1903 hat Sachsenhausen 1 400 Einwohner. Einen Haltepunkt der Bahn erhielt Sachsenhausen erst 1905, 1913 wurde das Bahnhofsgebäude errichtet. Im Februar des Jahres 1914 erfolgte die Grundsteinlegung für die Dorfkirche, die im Dezember desselben Jahres noch eingeweiht wurde. Sie ist das letzte Bauwerk des Architekten und Regierungs- und Baurates Georg Büttner. Feuerwehr- und Gemeindehaus rundeten 1931 das dörfliche Ensemble ab.

1924 wurde in Sachsenhausen eine Kolonne des Arbeiter-Samariterbundes begründet. Die erste Unfall-Rettungsstation Deutschlands wurde 1929 in Dienst gestellt und Unfallstationen in Sachsenhausen und Oranienburg eingerichtet.

Nachdem 1936 auf einer Fläche des ehemaligen Sachsenhausener Staatsforstes das Konzentrationslager Sachsenhausen errichtet wurde, endeten viele der Deportationszüge mit Tausenden von Häftlingen am Bahnhof Sachsenhausen. Bis 1945 wurden hier mehr als 200 000 Menschen aus vielen Staaten Europas inhaftiert, von denen Zehntausende ums Leben kamen. Im August 1945 richtete der sowjetische Geheimdienst im Kernbereich des Lagers das Speziallager Nr. 7 (1948 umbenannt in Nr. 1) ein. Von den 60 000 Inhaftierten überlebten mindestens 12 000 das Lager nicht. Heute besuchen jährlich mehr als 700 000 Menschen aus aller Welt die Gedenkstätte und das Museum Sachsenhausen, um sich vor Ort über das System des nationalsozialistischen Terrors und über das sowjetische Speziallager zu informieren und an die Opfer zu erinnern.

Nach dem Kriegsende gewinnt Sachsenhausen zunehmend an Einwohnern, 1956 steigt ihre Zahl auf 4 000. Am 01.04.1974 wird Sachsenhausen in die Stadt Oranienburg eingemeindet. Mit der Gemeindegebietsreform vom 16.10.2003 wurde die Bildung eines eigenständigen Ortsteiles wieder möglich.